El 31 de mayo del 1975 fue nombrado como obispo auxiliar del arzobispo de Santo Domingo. Fue capellán del Asilo Santa Clara, de la Policía Nacional y del Colegio Quisqueya: canónigo de la Catedral en 1958, Director del Secretariado Nacional de Educación Católica, párroco de San Antonio de Gazcue desde el 1955. En la década de los ochenta y los noventa, Pepén era una de las figuras más destacadas en lo que se refiere a la vigilancia y la crítica a las actitudes negativas de los gobiernos, los partidos políticos y el sector empresarial. En su prédica abogaba siempre por la igualdad entre los dominicanos, el fortalecimiento de la educación y la lucha sin pausas contra el hambre, la insalubridad y la pobreza. La prensa de la época lo retrata como un conciliador que buscaba alternativas o intentaba buscarlas desde el púlpito para que los gobernantes hicieran mejores realizaciones en favor de los dominicanos.

En los artículos que escribía resaltaba que en República Dominicana la educación había tenido sus altas y sus bajas y que era muy difícil dar una respuesta simplista a la crisis de ese sector. Al mismo tiempo su clamor permanente de que se evitara la ley del más fuerte y se aplicara lo que él denominó la ley del amor.

Para él en la sociedad existían lastres como el egoísmo que debían cercenarse para mejorar las condiciones humanas, materiales y espirituales del dominicano. Fue definido como un patriota que en ningún momento abjuró de sus compromisos con su fe y su pueblo.

Una de sus iniciativas fue su petición al Papa Paulo VI para nombrar con  el título de “Basílica Menor” a la Basílica de Higüey, inaugurada durante su obispado el 21 de enero de 1971, con la asistencia del presidente de la República Doctor Joaquín Balaguer. Su labor en la Diócesis de La Altagracia concluyó el 31 de mayo de 1975, fecha en la cual renunció por motivos de salud, pasando a ocupar el puesto de Obispo Auxiliar de la Arquidiócesis de la ciudad de Santo Domingo. Fue rector de la Universidad Católica Madre y Maestra.
Fue autor de varios libros, entre los que se destaca “Donde Floreció el Naranjo”, obra que hace referencia a la historia de la aparición de la Virgen de la Altagracia, patrona de la República Dominicana.

Monseñor Juan Félix Pepén Solimán murió el 21 de julio 2007 en Santo Domingo, cuyos restos fueron llevados a la Catedral Primada de América, en donde se ofició una misa de cuerpo presente, concelebrada por su Excelencia Reverendísima Nicolás de Jesús Cardenal López Rodríguez, siendo posteriormente trasladados a la Basílica de Higüey, donde reposan en la bóveda de los obispos.

Fuentes:

 Aurich Martínez, J. L. (2007, 25 de agosto). Juan Félix Pepén Solimán: Primer Obispo De Higüey. Recuperado el 25 de marzo de  2012, de http://www.idg.org.do/capsulas/agosto2007/agosto200725.htm

Medrano, N. (2007, 21 Julio). Muere monseñor Juan Félix Pepén, primer obispo de Higüey; habrá misa en la Catedral. Recuperado el 25 de marzo de  2012, de http://www.listin.com.do/la-republica/2007/7/21/21516/Muere-monsenor-Juan-Felix-Pepen-primer-obispo-de-Higuey-habra-misa-en-la