Es responsabilidad de este despacho la supervisión del sistema como un todo. Por ello, vigila el cumplimiento de las políticas, la evaluación de todos los órganos y la coordinación de sus labores. Con ese fin, se fundamenta en las subsecretarías de Educación Superior y de Ciencia y Tecnología, en estudios de las dependencias y en las decisiones del Consejo Nacional de Educación Superior, Ciencia y Tecnología.

Entre las funciones de este despacho, asistidas por el Consejo y las entidades técnicas, están velar por la calidad de la educación superior, el desarrollo de la investigación científica y tecnológica, la apertura o el cierre de instituciones pertenecientes al Sistema.

En la actualidad, el Despacho de Educación Superior, Ciencia y Tecnología está dirigido por la Licda. Ligia Amada Melo de Cardona. Esta funcionaria define su labor en los siguientes términos:

“En forma general, la misión del titular de esta Secretaría es impulsar la política nacional en educación superior y en ciencia y tecnología, que son dos campos inseparables, como lo establece la ley 139-01. Aunque se trata de una compleja misión, detalladamente descrita en la ley mencionada, en los diversos reglamentos y en directrices del Presidente de la República, podrían proponerse tres grandes compromisos para el Secretario de Estado de esta materia. El primero es lograr que las instituciones funcionen como un sistema, es decir que colaboren, que se integren armónicamente con el resto de los órganos del Estado y con organismos homólogos en la región y en el mundo. El segundo compromiso en que debemos esforzarnos, no menos importante por supuesto, es en la calidad de nuestra labor: nuestras instituciones deben formar a los mejores profesionales y nuestros centros de investigación deben generar ciencia y tecnología que impulsen verdaderamente el desarrollo nacional. Con ese propósito, estamos comprometidos en la permanente evaluación y al desarrollo de diagnóstico quinquenales. Una tercera obligación que podría mencionarse es la comunicación y la información. Es imprescindible que las instituciones comprendidas por el Sistema mantengan mecanismos de información cualitativa y cuantitativa que permitan la autoevaluación, la rectificación constante, la relación con los otros organismos y con los sectores a los cuales nos debemos. Estadísticas confiables sobre todos los procesos, sistemas de información, publicaciones impresas y digitales, y buen servicio a los usuarios en todos los puntos en que nos encontremos con ellos y ellas, serían manifestación de este último compromiso.” http://www.seescyt.gov.do